张俊鹏简历

1.基本信息

张俊鹏，男，中共党员，博士，教授，硕士生导师，电子科技大学协议副研究员，云南省兴滇英才支持计划青年人才，云南省科技厅科技人才专家库专家，云南省医学会医学工程学分会第七届委员会委员，大理大学第九批中青年学术带头人，担任《BMC Bioinformatics》、《Frontiers in Genetics》、《Frontiers in Molecular Biosciences》和《大理大学学报》编委成员。提出了一系列新模型新方法来研究人类复杂疾病关联的ncRNA调控模式、竞争模式和协同模式。系列研究成果分别发表在《BMC Biology》、《Briefings in Bioinformatics》、《PLOS Computational Biology》、《Bioinformatics》等国际期刊上。主持国家自然科学基金项目2项，云南省自然科学基金项目3项。公开发表学术论文60余篇（SCI学术论文40余篇），授权国家发明专利8项，软件著作权2件，开发R软件包10套。担任《Nature Computational Science》、《Nucleic Acids Research》, 《Bioinformatics》, 《Briefings in Bioinformatics》, 《PLOS Computational Biology》等国际SCI期刊审稿人。打造了生物医学工程专业微信公众号BMELab。

Email: 595289825@qq.com

2. 研究方向：

[1] 生物信息学与计算生物学

[2] 临床医疗数据挖掘

3.主持科研课题

[1] 国家自然科学基金地区项目，61963001，泛癌关联的ncRNA协同调控网络与模块识别的生物信息学方法研究，2020/01-2023/12，36万元，已结题，主持。

[2] 国家自然科学基金青年项目，61702069，癌症miRNA海绵因果网络与模块识别及其功能特性研究，2018/1-2020/12，25万元，已结题，主持。

[3] 云南省应用基础研究计划面上项目，202001AT070024，融合单细胞转录组数据的miRNA调控网络与功能模块识别研究，2020/6-2023/5，10万元，已结题，主持。

[4] 云南省应用基础研究计划面上项目，2017FB099，复杂疾病关联的miRNA海绵及其互作网络识别的生物信息学融合方法研究，2017/6-2020/5，10万元，已结题，主持。

[5] 云南省应用基础研究计划青年项目，2013FD038，基于异构数据的microRNA和TF因果调控网络识别，2013/10-2016/9，6万元，已结题，主持。

[6] 大理大学博士科研启动项目，非编码RNA调控模式推理及其功能特性研究，2024/01-2028/12，10万元，在研，主持。

[7] 大理大学第九批中青年学术带头人后备人才项目，2018/1-2021/12，3万元，已结题，主持。

[8] 大理大学第八期教育教学改革研究一般项目，2022JGY08-53，基于PBL和OBE理念融合的生物医学工程课程教学改革研究，2022/06-2024/06，0.4万元，已结题，主持。

[9] 大理大学青年教师科研基金项目，KYQN201203，基于LDA主题模型的功能性miRNA-mRNA调控模块识别，2013/1-2014/12，0.5万元，已结题，主持。

4.代表性成果

[1] Junpeng Zhang, Lin Liu, Xuemei Wei, Chunwen Zhao, Yanbi Luo, Jiuyong Li, Thuc Duy Le. Scanning sample-specific miRNA regulation from bulk and single-cell RNA-sequencing data. BMC Biology. 2024, 22:218.

[2] Chenchen Xiong, Mingfang Zhang, Haolin Yang, Xuemei Wei, Chunwen Zhao, Junpeng Zhang*. Modelling cell type-specific lncRNA regulatory network in autism with Cycle. BMC Bioinformatics. 2024, 25:307.

[3] Junpeng Zhang, Xuemei Wei, Chunwen Zhao, Haolin Yang. Protocol to infer and analyze miRNA sponge modules in heterogeneous data using miRSM 2.0. STAR Protocols. 2024, 5(4):103317.

[4] Junpeng Zhang, Lin Liu, Xuemei Wei, Chunwen Zhao, Sijing Li, Jiuyong Li, Thuc Duy Le. Pan-cancer characterization of ncRNA synergistic competition uncovers potential carcinogenic biomarkers. PLoS Computational Biology. 2023, 19(10): e1011308.

[5] Junpeng Zhang, Lin Liu, Wu Zhang, Xiaomei Li, Chunwen Zhao, Sijing Li, Jiuyong Li, Thuc Duy Le. miRspongeR 2.0: an enhanced R package for exploring miRNA sponge regulation. Bioinformatics Advances. 2022, 2(1): vbac063.

[6] Junpeng Zhang, Yun Zheng, Juan Xu. Editorial: computational identification of ceRNA regulation. Frontiers in Molecular Biosciences. 2022, 9: 937505.

[7] Junpeng Zhang, Lin Liu, Taosheng Xu, Wu Zhang, Jiuyong Li, Nini Rao, Thuc Duy Le. Time to infer miRNA sponge modules. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. 2022, 13(2): e1686.

[8] Junpeng Zhang, Lin Liu, Taosheng Xu, Wu Zhang, Chunwen Zhao, Sijing Li, Jiuyong Li, Nini Rao, Thuc Duy Le. miRSM: an R package to infer and analyse miRNA sponge modules in heterogeneous data. RNA Biology, 2021, 18(12):2308-2320.

[9] Junpeng Zhang, Lin Liu, Taosheng Xu, Wu Zhang, Chunwen Zhao, Sijing Li, Jiuyong Li, Nini Rao, Thuc Duy Le. Exploring cell-specific miRNA regulation with single-cell miRNA-mRNA co-sequencing data. BMC Bioinformatics, 2021, 22:578.

[10] Junpeng Zhang, Taosheng Xu, Lin Liu, Wu Zhang, Chunwen Zhao, Sijing Li, Jiuyong Li, Nini Rao, Thuc Duy Le. LMSM: a modular approach for identifying lncRNA related miRNA sponge modules in breast cancer. PLoS Computational Biology, 2020, 16(4):e1007851.

[11] Junpeng Zhang, Thuc Duy Le, Lin Liu, Jiuyong Li. Inferring and analyzing module-specific lncRNA-mRNA causal regulatory networks in human cancer. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20(4): 1403-1419.

[12] Junpeng Zhang#, Vu Viet Hoang Pham#, Lin Liu, Taosheng Xu, Buu Truong, Jiuyong Li, Nini Rao, Thuc Duy Le. Identifying miRNA synergism using multiple-intervention causal inference. BMC Bioinformatics, 2019, 20(Suppl 23):613.

[13] Junpeng Zhang, Lin Liu, Jiuyong Li, Thuc Duy Le. LncmiRSRN: identification and analysis of long non-coding RNA related miRNA sponge regulatory network in human cancer. Bioinformatics, 2018, 34(24): 4232-4240.

[14] Junpeng Zhang, Lin Liu, Taosheng Xu, Yong Xie, Chunwen Zhao, Jiuyong Li, Thuc Duy Le. miRspongeR: an R/Bioconductor package for the identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules. BMC Bioinformatics, 2019, 20:235.

[15] Junpeng Zhang, Thuc Duy Le, Lin Liu, Jiuyong Li. Inferring miRNA sponge co-regulation of protein-protein interactions in human breast cancer. BMC Bioinformatics, 2017, 18:243.

[16] Junpeng Zhang, Thuc Duy Le, Lin Liu, Jiuyong Li. Identifying miRNA sponge modules using biclustering and regulatory scores. BMC Bioinformatics, 2017, 18(Suppl 3):44.

[17] Thuc Duy Le#, Junpeng Zhang#, Lin Liu, Jiuyong Li. Computational methods for identifying miRNA sponge interactions. Briefings in Bioinformatics, 2017, 18 (4): 577-90.

[18] Junpeng Zhang, Thuc Duy Le, Lin Liu, Jianfeng He, Jiuyong Li. A novel framework for inferring condition-specific TF and miRNA co-regulation of protein-protein interactions. Gene, 2016, 577(1):55-64.

[19] Junpeng Zhang, Thuc Duy Le, Lin Liu, Jianfeng He, Jiuyong Li. Identifying miRNA synergistic regulatory network in heterogeneous human data via network motifs. Molecular Biosystems, 2016, 12(2):454-63.

[20] Junpeng Zhang, Thuc Duy Le, Lin Liu, Bing Liu, Jianfeng He, Gregory J Goodall, Jiuyong Li. Inferring condition-specific miRNA activity from matched miRNA and mRNA expression data. Bioinformatics, 2014, 30(21):3070-7.

[21] Junpeng Zhang, Thuc Duy Le, Lin Liu, Bing Liu, Jianfeng He, Gregory J Goodall, Jiuyong Li. Identifying direct miRNA-mRNA causal regulatory relationships in heterogeneous data. Journal of Biomedical Informatics, 2014, 52:438- 47.

[22] Junpeng Zhang, Bing Liu, Jianfeng He, Lei Ma, Jiuyong Li. Inferring functional miRNA-mRNA regulatory modules in epithelial–mesenchymal transition with a probabilistic topic model. Computers in Biology and Medicine, 2012, 42(4):428-37.

[23] 张俊鹏, 孙少平, 魏雪梅, 赵春文, 李司婧, 罗艳碧. 单细胞miRNA海绵网络推理方法、装置、设备及存储介质: 中国, 专利: ZL202310240915.9, 2024年03月15日.

[24] 张俊鹏, 赵春文, 李司婧, 杨燕婷. 基因模块群的相似性度量方法、装置、电子设备及存储介质: 中国, 专利: ZL202111214178.2, 2022年08月23日.

[25] 张俊鹏, 饶妮妮, 王光斌. ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质: 中国, 专利: ZL202010158035.3, 2021年06月08日.

[26] 张俊鹏, 饶妮妮, 王光斌. miRNA因果调控网络识别方法、装置、电子设备及存储介质: 中国, 专利: ZL202010146037.0, 2021年04年09日.

[27] 张俊鹏, 饶妮妮, 王光斌. 一种ncRNA协同竞争网络识别方法和装置: 中国, 专利: ZL201911229601.9, 2021年04月06日.

[28] 张俊鹏, 饶妮妮, 王光斌. 一种miRNA海绵互作对的识别方法: 中国, 专利: ZL201911064153.1, 2021年05月14日.

[29] 张俊鹏, 饶妮妮, 王光斌. 单细胞miRNA调控网络的识别方法、装置、设备及存储介质: 中国, 专利: ZL201910751340.0, 2021年06年04日.

[30] 张俊鹏, 饶妮妮. miRNA海绵模块的识别方法和装置: 中国, 专利: ZL201910684738.7, 2021年06月08日.